На этой неделе мы проводили поиск ортологов (схожих ген) в транскриптоме томата, используя данный алгоритм:
1. Мы скачали транскриптом томата из база данных NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/
2. Установили программу blast+
3. С помощью команды makeblastdb -in ПУТЬ_ДО_ФАЙЛА_С_ТРАНСКРИПТОМОМ -dbtype nucl сделали базу данных на основе нашего транскриптома
4. С помощью команды blastn -query ПУТЬ_ДО_ФАЙЛА_С_ГЕНОМ -db ПУТЬ_ДО_ФАЙЛА_С_ТРАНСКРИПТОМОМ -out ПУТЬ_ДО_РЕЗУЛЬТАТА -outfmt 6 мы нашли похожие гены в транскриптоме
5. Проверили, получившиеся последовательности генов в blast+
6. Мы провели проверку длины рамки считывания, найденного нами гена на сайте ORF-finder: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
В ходе исследования мы пришли к выводу, что в помидоре содержаться те же гены для синтеза капсаицина, что и в перце чили
Все результаты поиска можно найти на нашем Google диске https://drive.google.com/drive/folders/1EhD_oVXpB_X8z-67AodxXkXaYSCMGEsu?usp=sharing